1. Pulau Karimunjawa*
2. Pulau Kemojan*
3. Pulau Parang*
4. Pulau Nyamuk*
5. Pulau Genting*
6. Pulau Menjangan Besar (Atambua Resort)
7. Pulau Menjangan Kecil
8. Pulau Cemara Besar
24. Pulau Seruni
25. Pulau Sambangan
26. Pulau Cendikian
27. Pulau Kumbang
Keterangan: Yang ada tanda bintang (*) adalah pulau yang berpenghuni
2. Pulau Kemojan*
3. Pulau Parang*
4. Pulau Nyamuk*
5. Pulau Genting*
6. Pulau Menjangan Besar (Atambua Resort)
7. Pulau Menjangan Kecil
8. Pulau Cemara Besar
9. Pulau Cemara Kecil
10. Pulau Gleyang
11. Pulau Burung
10. Pulau Gleyang
11. Pulau Burung
12. Pulau Bengkoang
13. Pulau Menyawakan(Kura-kura Resort)
14. Pulau Kembar
15. Pulau Katang
16. Pulau Krakal Besar
17. Pulau Krakal Kecil
18. Pulau Sintok
19. Pulau Mrico/Mrican
20. Pulau Tengah
21. Pulau Pinggir
22. Pulau Cilik/Kecil
23. Pulau Gundul13. Pulau Menyawakan(Kura-kura Resort)
14. Pulau Kembar
15. Pulau Katang
16. Pulau Krakal Besar
17. Pulau Krakal Kecil
18. Pulau Sintok
19. Pulau Mrico/Mrican
20. Pulau Tengah
21. Pulau Pinggir
22. Pulau Cilik/Kecil
24. Pulau Seruni
25. Pulau Sambangan
26. Pulau Cendikian
27. Pulau Kumbang
Keterangan: Yang ada tanda bintang (*) adalah pulau yang berpenghuni
